Јака киселост желучаног садржаја чини желудац посебно непријатељским окружењем за вирусе и бактерије. Само једна врста, Хелицобацтер пилори, успева да стабилно преживи и колонизује људску слузницу желуца. За остатак, већина унетих микроорганизама се брзо уништи у року од неколико минута.
Неколико ин витро студија је показало да за широко и ефикасно бактерицидно дејство пХ мора бити посебно низак. Специфично, пХ једнак или мањи од 2.0 генерално убија све бактерије; међутим, слична киселост је присутна у желуцу само у условима гладовања, док након оброка присуство хране (главно средство са којим бактерије продиру у желудац) привремено подиже пХ на вредности од 4-5.
Такође је потребно узети у обзир и временски фактор, јер је нижи пХ и потребно је мање времена да се постигне потпуно бактерицидно деловање, и обрнуто. Међутим, пХ вредности изнад 3, 5 имају веома низак бактерицидни ефекат, док пХ изнад 4 има нулти бактерицидни ефекат.
Најновији научни докази показују како се бактерицидна активност одређује - поред гастричке киселости - и пепсином (протеолитички ензим укључен у варење протеина). Одређену активност антибиотика врше и одређени ензими присутни у желучаном соку, као што су дефензини и лактоферин.
На микробној фронти, преживљавање различитих микроорганизама против бактерицидне активности желучаних сокова може бити фаворизовано везом са неким састојцима хране; на пример, показано је да је вирулентност салмонеле очигледно супериорна када се унесе у пробавни канал са протеинском храном (нпр. јаја или месом) контаминираном.
Јасно је да чак и употреба антацидних лекова или инхибитора протонске пумпе, смањујући желучани пХ, промовише преживљавање бактерија у желуцу. Осим тога, како се бактеријско оптерећење (број унесених бактерија) повећава, повећава се и вјероватноћа да ће неки микроорганизми преживјети.
Мора се узети у обзир и проблем токсина и спора. Токсини су супстанце које производе бактерије или њихови састојци, што може да проузрокује оштећење (тровање храном) чак и када је бактерија убијена киселином у желуцу. Споре су уместо тога мирне форме у којима се неке бактерије повлаче када су услови околине неповољни, само да би се поново активирали чим околности то дозволе; споре Цлостридиум диффициле, на пример, прелазе желучану киселину нетакнутом и потом клијају у стомаку.
У поређењу са бактеријама, вируси обично имају веће шансе да преживе киселину у стомаку. Није изненађујуће да су вируси који припадају родовима Норовирус (вирус Норвалк), Ротавирус, Астровирус и Аденовирус често укључени у појаву инфективних дијареалних облика (вирусни гастроентеритис).
