У званичној фармакопеји постоје опште методе процене, како хемијске тако и биолошке. Међутим, фармакогнозија такође користи много софистицираније методе, као што су спектроскопске и хроматографске методе.
Процена квалитета лекова са хемијског становишта обезбеђује обимну дубинску анализу, карактеристичну за аналитички капацитет коришћених инструмената; Другим речима, лек се процењује на основу количине и квалитета активних принципа садржаних у њему, који су детерминантни на аналитички прецизан начин захваљујући изузетно прецизним хроматографским инструментима. Међу овим хроматографским техникама налазимо: гасну хроматографију, масени гас, ХПЛЦ (течна хроматографија на колони), јоноизмењивачку хроматографију и хроматографију на плочи (ТЛЦ, ХПТЛЦ). То су све методологије које користе хроматографски принцип у квалитативно-квантитативној процени хемијских супстанци присутних у фитокомплексу. Дакле, ови инструменти нам омогућавају да проценимо лек као фитокомплекс, количину и квалитет појединих хемијских класа, њихов однос и количину карактеристичног активног принципа.
За процену фитокомплекса важно је усвојити најпогодније стратегије за његово издвајање, јер не постоји аналитички метод који није претходио екстракцији. Екстракције су неопходне за техничко-фармакогностацију за процену лека или, евентуално, за добијање елемената употребе овог лека, који се могу директно поставити у терцијарни сектор. Методе екстракције омогућавају да се добију оне категорије активних принципа који се сматрају важним у квалитативној класификацији лека, или селективно издвајање једне или више категорија које се сматрају изразом његове активности.
Активни принципи, генерално, су молекули гликозида, алкалоида, терпена, антракинона; сви секундарни метаболити који су израз релационе биологије организма; међутим, постоје и молекули који потичу од примарног метаболизма од здравственог интереса, као што су угљени хидрати (скроб и његови деривати, целулоза и њени деривати), протеини и посебно протеолитички ензими (папаин или бромелаин).
Пре него што наставимо са екстракцијом активних супстанци из лека, потребно је размотрити хемијско-физичку карактеризацију потоњег; другим речима, пре вађења активног састојка неопходно је добро познавати његову хемијску природу у смислу поларитета, јер је процес екстракције у суштини редукован до асоцијације погодног растварача са леком. Овај растварач, који је хемијски сличан принципу који се екстрахује, селективно га уклања из преосталог фитокомплекса; што се више наглашава овај хемијски афинитет, то ће бити боље извлачење ("слично раствара слично"). Стога је од суштинског значаја знати, са фитокемијске тачке гледишта, принцип који треба екстраховати, како би се растварач или смеша растварача повезали сличнијим.
