Порекло вируса еболе није познато, али на основу доступних доказа, шишмиш се сматра природним резервоаром патогена.
Воћни слепи мишеви, познатији као летеће лисице, су велики слепи мишеви који насељавају речне шуме . Познате су најмање три врсте здравих слепих мишева који носе вирус (ебола не изазива никакве симптоме код ове животиње): батаљка са чекићем (Хипсигнатхус монстросус), шишмиш од Франкуетових еполета (Епомопс франкуети) и шишмиш. из овратника (Миоництерис торкуата).
Али како је инфекција прешла са животиња на људе? За становнике Африке, ветеране година грађанског рата, слепи мишеви су извор хране. Не само то. Западне и кинеске компаније које улазе у џунглу због крчења шума и потраге за минералима повећале су праксу конзумирања меса, односно трговине и потрошње меса које потиче од дивљих животиња. Мушкарци, дакле, једући антилопе или шимпанзе заражене шишмишима ( средњи домаћини ), могу се заразити вирусом еболе и проширити инфекцију.
