Иако је данас очигледно да је очигледно, човек је миленијумима игнорисао чињеницу да су микроскопски организми изазвали одређене болести.
До 1600. године такозвана теорија спонтане генерације сматрана је валидном, према којој се неки организми могу спонтано генерирати из неживих материја. Класичан примјер је личинка, за коју се вјерује да се може генерирати из ничега у комаду разградног меса.
Први који је поништио ову теорију био је Франческо Реди, лични лекар Великог војводе Тоскане. Реди је ставио два комада свежег меса у два одвојена контејнера, остављајући први отворен и штитећи други од муха са мрежњачом. После неколико дана приметио је да само отворена посуда пузи са ларвама. Реди је, дакле, показао да ларве не настају из ничега, већ потичу од јаја које су положиле мухе.
Постојање микроорганизама почело је да се говори тек у осамнаестом веку, захваљујући студијама Модензе Лаззаро Спалланзани, који је први пут сковао и увео у медицинску литературу појам "клица". Међутим, откриће бактерија приписује се Антонију Лееувенхоеку (1632-1723), трговцу текстила са страшћу за микроскопима.
Леувенхоек је приметио како су, након прања зуба, "жива бића" била присутна у наслагама каменца. Ово откриће било је могуће захваљујући оптимизацији оптичког микроскопа, који је Лееувенхоек сам изградио, а који се даље побољшао.
Појава модерног микроскопа, међутим, отворила је нова питања о теорији спонтане генерације. Из првих запажања, заправо, чинило се да је једноставно излагање органској супстанци зраку довело у кратком времену до развоја клица на њеној површини.
Француски биолог Лоуис Пастеур је интервенисао да пориче хипотезу о спонтаној генерацији микроба. Пастеур је прокувао мало бујона у стакленој боци са дугим вратом, опремљеном специјалним кљуном у облику слова С да би се спречило да прашина (и бактерије у њој) уђу. Пастеур је приметио да, захваљујући овим уређајима, у бујону нису генерисане бактерије и да зато клицице не настају спонтано.
