ПХ фекалија је нормално неутралан или благо алкални (6, 8 - 7, 5). Више киселе столице, физиолошке само код новорођенчади, могу указивати на цријевне инфекције (Есцхерицхиа цоли, Ротавирус) или пробавне сметње, као што су лактоза или интолеранција масти (стеаторрхеа од инсуфицијенције панкреаса или билијарне стазе).
Ако пХ фецеса има тенденцију да се повећа у присуству труљења са дисбиозом, има тенденцију да падне у присуству ферментативне дисбиозе, чији се узроци могу наћи у прекомерном уносу угљених хидрата или у лошој апсорпцији истог (целијакија). . Чак иу присуству обилног уноса липида, у вегетаријанској исхрани и продуженом гладовању, пХ фецеса постаје киселински.
Да би се избегли поремећаји у резултатима испитивања, фецес не сме бити контаминиран урином и мора се брзо расхладити како би се спречило да амонијак у урину и бактерије труљења постану фекалне пХ алкалне.