Тренутно није доступна вакцина или лек за профилаксу против афричког трипаносомијазе . Превентивне мјере су стога усмјерене на минимизирање контакта са тсе-тсе мушицама.
Прво, треба избегавати заражена подручја. Мета за тсетсе је мање активна у најтоплијим сатима дана, али може да нападне ако се нервира. Треба запамтити да овај инсект привлаче покретни објекти и свијетле или тамне боје; може да убоде и лагану одећу. Зато се препоручује да носите кошуље и панталоне које покривају удове што је више могуће; посебно се преферира одећа од отпорног материјала и неутралне боје које се уклапају са околином. Примена репелената на одећу такође може бити корисна. Ројеви тсе-тсе муха могу пратити возила која се крећу, тако да је пожељно затворити прозоре аутомобила како би их спријечили да нападну кабину.
Борба против векторског инсекта може се спровести на нивоу животне средине са уништавањем станишта за размножавање, употребом инсектицида и замки (боље ако се импрегнира са перметрином) у склоништима за тсе-тсе мухе (савана) и вегетација дуж водотока) и третман паразитираних субјеката (извор инфекције за носиоце).
