Поред индивидуалних мера заштите и контроле животне средине носиоца, јапански енцефалитис се може спречити вакцинацијом.
Иксиаро вакцина, већ одобрена од стране ФДА (Управа за храну и лекове) у САД и одобрена од стране ЕМЕА (Европске агенције за лекове), примењује се интрамускуларно у делтоидној регији (надлактица), у 2 дозе, у другој до који се инокулира 4 недеље након прве. За добру активну имунизацију, курс вакцинације мора бити завршен најмање једну седмицу прије могућег контакта са вирусом јапанског енцефалитиса.
Вакцина за јапански енцефалитис се препоручује за путнике који дуго остају на отвореном у ендемским подручјима током сезоне у којој је највероватније пренос инфекције; међутим, није индициран за особе млађе од 18 година, за вријеме трудноће и дојења.
