Када заражена муха уједе људе, она транскутано убризгава метацикличне трипомастиготе присутне у пљувачницама. Једном у домаћину, паразити улазе у лимфни систем и крв гдје се претварају у циркулишуће трипомастиготе и започињу непрекидну репродукцијску активност бинарном сјечом (хемолимфатична фаза).
Паразитемија је периодична: моменти у којима је повишен наизменично са другима у којима се нагло смањује због производње специфичних антитела од стране зараженог организма. Међутим, група паразита, модификујући површинске гликопротеине, може да избегне одговор антитела. Стога се циклус понављања и лизирања понавља.
Касније током инфекције, трипаносоми нападају лимфне чворове, слезину, јетру и многе друге органе. Смрт се може десити неколико дана након захвата централног нервног система ( менингоно-енцефалитна фаза ).
Циклус се одржава када муха цетсе унесе крв зараженог човека или животиње. У вектору се протозои умножавају у цревима, пре него што мигрирају у пљувачне жлезде инсеката. Тсе-тсе мува може пренијети инфекцију другом сисару или људима с новим убодом, ако је прошло најмање 20-30 дана од када је заражено.
