Тачно порекло вируса Марбург је још увек непознато. Тренутно се верује да болест за коју је одговорна може бити зооноза коју одржава једна или више домаћих животиња афричког континента. Међутим, досадашња истраживања нису омогућила идентификацију природног резервоара болести, иако су анализирани многи краљежњаци и чланконошци.
Према Светској здравственој организацији, људи нису део природног циклуса вируса, тако да би зараза у суштини дошла од случајног контакта са другим зараженим приматом. У ствари, документација је преношена преко неких врста мајмуна, вероватно делујући као "појачавајући домаћини" за вирус Марбург. Надаље, неки докази упућују на то да примати могу бити инфицирани изложеношћу шишмиша .
