Дијагноза афричког трипаносомијазе мора се узети у обзир код свих особа које су боравиле у подручјима Африке за које се сматра да су изложене ризику од ове болести.
Прву фазу болести је тешко дијагностицирати, јер узрокује неспецифичне симптоме, као што су грозница и слабост. Методе које се користе за директну идентификацију трипаносома укључују анализу светлосном микроскопијом узорака крви (размаз или дебели пад) или аспирацију лимфних чворова. Остали не-специфични лабораторијски налази показују панцитопенију, повећане ВЕС и ПЦР и повишене нивое ИгМ.
Када паразит нападне централни нервни систем и пацијенти почну да испољавају неуролошке и психијатријске симптоме (лоша координација мотора, дезоријентација, конвулзије и поремећаји спавања), дијагностичка процена захтева анализу узорка цереброспиналне течности . Испитивање течности омогућава да се изолују трипаносоми и да се истакну високи нивои лимфоцита, укупни протеини, значајно повећање ИгМ и карактеристичне Моттове ћелије (плазма ћелије са цитоплазматским вакуолама које садрже имуноглобулине).
